Програми за наука (и не само)

Страница 1 от 5

В списанието вече сме говорили за математически софтуер, полезен и за студенти, и за научни работници. Този път решихме да обърнем внимание и на другите науки и да споменем софтуерни продукти, интересни както за професионалисти, така и за изкушените в тях – или просто за не дотам изкушените, но любопитни.

CambridgeSoft Chemoffice 2005 Ultra
Разработка: CamSoft Corporation
Shareware, цена 2 500 USD
Интернет: www.cambridgesoft.com
Големина: 232 МБ

Ако MathCAD и Maple са жизнено необходими на математѝка, то ChemOffice играе същата роля за тези, които се занимават с органична химия, биохимия, молекулярна биология и останалите науки, занимаващи се със сходна материя. Сред ценните способности на ChemOffice са изобразяването на химични уравнения, на формули на органични вещества с различна сложност (е, в разумни граници разбира се), триизмерно възпроизвеждане на структурата им, анализ на физикохимични параметри, а също и мощни средства за търсене в бази от данни по мрежата. Пакетът се сътои от три органично допълващи се модула -- ChemDraw, Chem3D, ChemFinder. Ще ги разгледаме поотделно.
Първият инструмент ChemDraw по начало отговаря за "рисуването" или по-точно за "конструирането" на формули за каквото ви хрумне -- от бензол до полинуклеотидна верига на ДНК. Сътворяването става удивително просто и бързо -- благодарение на огромния набор от шаблони (ароматни съединения, монозахариди, азотни основи, стереоизомерни атоми и т.н.) и на удобната система за промяна на всеки техен елемент. За вас остава само да съчетаете необходимите "тухлички", а програмата сама ще добави взаимовръзките. Нещо повече -- ако според законите на химията съединението не може да съществува, ChemDraw ще ви предупреди услужливо и ще посочи вероятното сгрешено място. Интерфейсът е просто великолепен -- и като удобство, и като богатство на възможности -- и чудесно допълва картинката. На разположение са различните специални символи, молекулни орбитали, полуавтоматичен набор от химични реакции. Например, посочвате място на прекъсване на връзката, а ChemDraw вече автоматично изписва уравнението с продуктите от разпада и молекулната им маса. Програмата се справя удивително коректно дори с такава банална, но отегчителна работа като поставянето на индекси на функционалните групи, нуждаеща се от доста здрав разум. Доста добре се вписва и галерията от готови картинки с разнообразно лабораторно оборудване, а също и елементи на клетъчни мембрани и органели -- така ще икономисате доста време при създаване на презентации и постери.
Докато СhemDraw пресъздава структурата на веществата в равнина, то Chem3D в позволява да я представите реалистично в три измерения. Chem3D може без затруднение да пресъздаде тримерната структура на неизвестно или слабоизучено вещество -- чрез анализ на характера на връзките и електроотрицателността на различните атоми в съединението (ако тези данни не достигат, могат да се извлекат от база данни по мрежата). Нещо повече, програмата ще ви помогне да пресметнете кои точно структурни компоненти на молекулата X са особено активни (напр. кои се окисляват или възстановяват лесно), а значи ще можете да предвидите възможна биологична роля за нея. Разбира се, не бива да се доверявате 100% на преценките на софтуера, нито можете да го ползвате като заместител на физическите методи за анализ. Все пак можете да ползвате получените данни като отправна точка за по-нататъшни експерименти.
Когато с времето вашата база данни (или примерно тази на института ви) достигне определен размер, съвсем логично ще възникне въпросът как да внесете в нея ред и как да можете да я претърсвате. Тук вече не могат да ви помогнат никакви средства на Windows или за търсене в локалната мрежа -- понеже не става въпрос за търсене на текст. Решението е елементарно с помощта на ChemFinder. Възможностите на програмата са просто фантастични.